Esta questão foi levantada depois da rede ex aequo ver negado o apoio, por parte deste Ministério, à distribuição de cartazes e questionários da campanha Projecto Inclusão dirigidos ao público escolar e juvenil.  O Ministério de Isabel Alçada, representado por duas técnicas (a coordenadora do Núcleo de Educação para a Saúde, Acção Social Escolar e Apoios Educativos e uma técnica da Direcção-Geral de Inovação e Desenvolvimento Curricular) recusou o apoio ao projecto alegando que o ME tem de ser «neutro em assuntos que possam ser considerados ideológicos». Várias associações e partidos repudiaram esta decisão. A rede ex aequo continua a distribuir os materiais contra a homofobia a todas as escolas e entidades que os solicitem.